临床上分辨胆管肿瘤是良性还是恶性的主要方法有以下几种：

1、影像学诊断：包括增强CT以及增强磁共振，可以提供相关的依据，大致分辨是良性肝脏肿瘤，还是恶性胆管癌等。但影像学诊断仍然有一部分出错的可能性，并不能保证100%精准，如部分炎症与肿瘤，在影像学上的表现非常类似；

2、血液学诊断：结合抽血的结果，如CEA(癌胚抗原)、CA19-9、CA12-5等肿瘤标记物升高的情况。但血液学检查也无法100%保证一定是良性或恶性，不是定性诊断的方法，仅供临床医生参考；

3、组织活检：可100%确诊，即从肿块取一部分组织，拿出体外后进行免疫组化等一系列分析，从而明确肿瘤良性还是恶性。但这种方法受肿瘤部位、患者身体情况等诸多因素控制。因为穿刺活检有一定的创伤和风险，可能穿刺后并没有取到肿瘤组织，而是取到旁边的正常组织，尤其是肿瘤较小时，所以这种方法也有一定的缺陷。

临床上需要结合诸多情况，包括影像学、血液学诊断以及穿刺活检的诊断，综合考量，帮助明确是良性还是恶性。