轻度的、一过性的肠道菌群失调，往往通过自身免疫的调整可以达到自愈。此类轻度的肠道菌群失调，主要是肠道菌群比例的失调。如果肠道菌群失调进一步加重，可能会出现细菌的1倍。若是在机体免疫力低下的情况下，甚至会出现继发性的机会性感染，此类感染往往难以控制，甚至危及病人生命。

肠道菌群主要是包括有益菌，还有致病菌，两者之间会达到动态平衡，对肠道黏膜的功能有益处。但如果致病菌占优势，有益菌不占优势后，往往会破坏肠黏膜的屏障功能，从而出现机会性感染的情况。病人往往会出现腹痛、腹泻，甚至发热的临床表现。

肠道菌群失调的治疗主要以补充益生菌为主，此类药物包括地衣芽孢杆菌、双歧杆菌三联活菌等，必要时需要进行粪菌移植。肠道菌群失调时，还要注意是否有器质性疾病所导致的疾病发生。

在临床中常见的是重大手术或者肿瘤放、化疗之后，导致机体免疫力降低。所以，在重大手术或者机体免疫力降低的情况下，要时刻关注是否会发生肠道菌群失调。