寄生虫的肠胃炎主要是由于原虫，或者是肠道内的线虫、绦虫所引起。如果在感染原虫时，尤其是溶组织内阿米巴，能够看到果酱样大便，要高度怀疑是不是溶组织内阿米巴，引起的结肠的痢疾、肠炎。另外如果在大便内看到白色的、宽面条样的节片，同时伴有胃肠道的不适症状，要怀疑有没有肠道绦虫感染的情况。
其他的没有办法进行特异性的区别，因为不管是什么引起的肠胃炎，都会有消化不良、腹疼、腹泻，每天大便＞3次，大便性状发生了改变，例如水样便、黏液便、脓血便。不管是何种情况，均无法较好的区别，是细菌还是寄生虫感染。需要观察有没有果酱样便，如果大便中看到可疑虫体，送去做鉴定，反推是由于寄生虫引起的肠胃炎。
