慢性肠炎是否能自愈，还是要根据引起慢性肠炎的原因而定，具体如下：

1、肠易激综合征：如果慢性肠炎是由于肠易激综合征，也就是由于情绪、饮食不当，引起的头痛、腹泻，而诊断的慢性肠炎，患者有自愈倾向。注意休息、饮食调节，控制情绪，可能慢性肠炎就能够好转、自愈；

2、慢性感染性肠炎：但是如果是由于慢性感染，包括细菌感染、寄生虫感染等所导致的慢性肠炎，只有积极根除病原体，去除了寄生虫，慢性肠炎才能治愈，本身自愈的可能很少；

3、溃疡性结肠炎：是一种慢性、复发性、反复性的疾病，需要规律地用药、长期治疗，没有自愈倾向。即使有时候临床症状缓解，但是结肠镜下肠黏膜并没有完全恢复，一旦停药，可能疾病会进一步加重，甚至会出现大出血、肠穿孔等严重并发症。

所以慢性肠炎是否能够自愈，还是根据不同的疾病病因而定。