黑色牙结石要去除，需要通过全口洁治的方法进行。全口洁治分为超声波洁牙与手动刮治。对于龈下结石，可能使用手动刮治多一些，而对于龈上结石，可能使用超声波洁牙多一些。

超声波洁牙效率很高，且在刮治过程中超波超声波的震动，对牙齿损伤及各个方面均较小。黑色牙结石说明其色素沉着很重，用超声波进行相应洁治，效率会非常的明显。

对于龈下的黑色牙结石，通过手动刮治可控制力量以及范围等。效率与对牙齿牙周膜的损伤，及周围纤维韧带的损伤，可能会减到最小。

在进行全口洁治后，应给予相应的漱口液漱口，并长期保持口腔清洁卫生，综合的进行相应治疗和维护，可长期保持口内牙结石尽量的少堆积，并长期防止色素沉着的发生，从而尽量避免黑色牙结石的生成。