女性小腹隐隐作痛的原因主要包括以下几种：

1、妇科疾病：比如盆腔炎、膀胱炎、子宫内膜异位症、子宫腺肌病等，根据相应的病因，可进行抗生素治疗，甚至手术治疗；

2、泌尿系疾病：如果伴有尿频、尿急，也可能是膀胱的炎症，建议查尿常规，明确尿中是否有红白细胞。

女性出现此类现象，在临床上并不少见，部分患者可能隐隐作痛数月才会就诊，此时建议行妇科检查，观察阴道分泌物是否发黄或脓性改变。如果出现上述症状，则是炎症的提示，建议对患者进行妇科双合诊，检查宫颈是否有举痛，以及子宫、双侧附件区是否有压痛，此为对盆腔炎的初步诊断。另外，也建议对此类患者行阴道分泌物检查以及宫颈管分泌物的培养。并且建议对患者行妇科超声的检查，观察子宫内膜情况，如是否有子宫内膜充血、盆腔是否有包块，或者输卵管、卵巢是否有积水、积脓等，通过上述检查则可明确原因。