不孕即不孕症，从科学角度考虑，不存在由于基因不合，所导致的不孕症。但是不孕症，可能是由于夫妻双方之一的染色体、基因问题，或携带某些致病基因所导致。
夫妻双方之一，若存在染色体问题，如部分女性是45X染色体。正常女性应该有46条染色体，有X和X，2条染色体，部分女性可能只有45条染色体，少1条X染色体或嵌合体，即部分染色体是正常的46XX，部分是嵌合的45X。对于45X或45嵌合体的女性，可能存在卵巢功能衰竭、不排卵，导致不孕症。
同时夫妻双方之一，存在染色体易位，无论是平衡易位，还是罗氏易位，均可能导致大多数后代无法生育，或早期流产的发生。对于染色体易位，可能需要借助于辅助生殖，甚至需要赠卵或赠精才能完整。
此外，某些女性携带脆性X基因，可能引起卵巢储备功能下降，导致不孕症。因此遗传因素，是导致不孕症的一种原因，但不存在基因不合所导致的不孕症。
