胃肠道间质瘤为潜在恶性肿瘤，较小时不易出现扩散或转移的恶性表现。逐渐增大肿瘤可能出现复发转移的情况，转成恶性生长模式。

良性胃肠道间质瘤，随着肿瘤生长会出现恶性潜能，出现复发转移情况。2cm以下胃肠道间质瘤，基本上不易出现复发转移，有些小的间质瘤可进行定期的复查。

如果小肠结直肠来源的较小胃肠道间质瘤，仍建议进行手术切除。因为这部分胃外的间质瘤恶性程度较高，易出现复发转移的情况。所以2cm以上非胃来源的胃肠道间质瘤，要按照恶性肿瘤进行处理。