与鼻咽癌发生有密切关系的微生物主要是病毒感染，主要指EB病毒。EB病毒感染是目前被证明最多的与鼻咽癌发生有一定关系的病毒，和鼻咽癌的发生、发展甚至复发都有一定关系。因此，病毒抗体监测在鼻咽癌治疗过程中十分必要，但并非有EB病毒感染就一定会发生鼻咽癌。
EB病毒感染非常常见，类似于感冒病毒，但导致鼻咽癌的情况毕竟是极少数，因此无需过于担心。如果实在担心，发现EB病毒感染后可以做鼻炎内镜检查，确定排除鼻咽癌即可。通常只有EB病毒感染抗体滴度逐渐升高时，才需要注意鼻咽癌发生或者鼻咽癌复发的，一般性的感染问题并不大。
此外鼻咽癌还与遗传因素、接触熏制类、腌制类食品、其它病毒感染、地域等有关，如广东祖籍，目前发病率也相对较高。
