头孢克肟可以治疗尿道炎，但需根据其致病微生物来选择。头孢克肟主要应用于细菌性尿道炎的治疗，尤其是淋菌性尿道炎，通常对于淋菌性尿道炎或细菌性尿道炎，推荐应用的抗生素包括头孢曲松、头孢克肟、左氧氟沙星、环比沙星等。一般治疗时需早期发现、早期诊断，足疗程、足剂量的应用，可迅速控制尿道炎症状。
但部分尿道炎的病原微生物并不是细菌，而是其它病原微生物，如支原体 衣原体。如果是支原体、衣原体感染所导致的尿道炎，不推荐应用头孢克肟，因为头孢克肟没有杀死支原体和衣原体的作用，此时应当选择其它抗生素进行治疗。目前对于支原体、衣原体所引起的非淋菌性尿道炎，通常推荐的药物包括阿奇霉素、多西环素、左氧氟沙星等，来达到控制和改善症状的目的。
