任何手术包括良性肿瘤、恶性肿瘤手术，都存在一定复发率。复发与较多因素有关，如肿块性质，肿块位置等。甲状舌骨囊肿长在颈部，有根瘘管通过舌骨长向深部。理论上手术时要尽可能多的切除瘘管，但临床要做到完整切除比较困难。因为部分瘘管比较深，需要通过囊肿完整切除加舌骨中段切除，方可将复发率降低到1%-2%。如果切除过多的瘘管，可能会加重咽喉部损伤，得不偿失。
所以，甲状舌骨囊肿手术的复发率并不高，但前提为除切除囊肿外，必须切除舌骨中段、确切结扎瘘管。此时可以认为将复发率控制在医学可以接受的范围内。部分医院手术只切除囊肿保留舌骨，此时复发率偏高，甚至可以达到20%-30%。若出现复发，则需要进行第二次手术切除舌骨。
