9价疫苗的不良反应很少，通常为局部的红肿、刺痛，有时会出现肿胀、感染，也有部分人会过敏，均是比较常见的副作用。其他严重的副作用，实际上在疫苗被研发出来及上市十数年的时间内，没有特别明确会造成不孕，或其他严重的神经系统疾病。
9价疫苗相对安全，从目前看到的不良反应讲，常见还是局部的红肿、过敏、疼痛，及部分出现皮疹等，均属于轻微的反应，均可在一段时间后，自行消退、缓解、消失。没有明确的报告证明，还有什么其他的副反应，应该相信不良反应的报告，在全球范围内成网，任何地方发生的不良反应，均要求必须上报，并且要负法律责任。如果没有在说明书上标注，通常可认为这种可能性很小，大家不需要过分紧张和焦虑。
