甲肝疫苗免费的和自费的没有区别，只是在不同的时间段，有计划免疫之内的和计划免疫之外的区别，即免费和自费的区别。使用甲肝疫苗是预防甲肝病毒感染，甲肝病毒的易感人群主要是婴幼儿和青少年，此类人群的发病率较高。因此国家把甲肝疫苗的接种，列入计划免疫当中。
免费甲肝疫苗在1.5-2.5岁的时间段接种2次，除此年龄段，如果由于某些特殊的要求，需要再次接种甲肝疫苗，不属于计划免疫范围之内，这时需要自费进行接种。甲肝疫苗以前使用两种，一种是减毒疫苗，另一种是灭活疫苗。现在基本使用灭活疫苗较多，由于相对减毒的疫苗，灭活疫苗稳定性和在运输当中的质量保证，可能较为安全。减毒的疫苗在运输和保存时，对于温度的要求较为严格，如果有保存不当的情况，可能会影响疫苗质量，影响免疫效果。
