肾小管上皮细胞空泡变性，说明肾小管上皮细胞受到了损害，在肾脏内科最常见的受到损害的原因有三种，具体如下：

1、大量蛋白尿：大量蛋白尿漏出以后，肾小管上皮细胞就要充分回吸收这部分漏出的蛋白质，因为这是机体自我保护反应，当过度的吸收漏出蛋白质以后，肾小管上皮细胞就会发生空泡变性，过多就会造成蛋白复合性肾病，从而出现肾小管的损害，某些肾病综合征的患者，大量的蛋白尿容易出现急性肾功能不全，也就是这部分原因起到部分作用；

2、大量利尿：大量利尿的时候，血中的钾离子大量通过肾小管漏出，同时某些利尿剂对肾小管上皮细胞可能产生毒副作用，这个时候肾小管上皮细胞可能出现空泡变性，又或者低钾血症造成的肾小管上皮细胞空泡变性，这个时候就可以从相应的尿液、血液以及用药病史上进行鉴别诊断，也可以造成肾小管上皮细胞的损害；

3、某些疾病：某些疾病造成的肾小管损害，系统性疾病常见，如干燥综合征和系统性红斑狼疮。