男人肚子两侧疼痛，常见于以下原因：

1、炎症性病变：结肠包括大肠到乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠等，患有溃疡性结肠炎时，结肠可能出现肠黏膜炎性改变，此时需要进行结肠镜检查是否存在结肠炎，或小肠是否存在弥漫性的病变。小肠有弥漫性的病变时，包括肠结核、克罗恩病、非特异性结肠炎，肚子两侧可能出现疼痛，小肠疾病通过消化道造影、小肠镜检查可以明确；

2、自主神经功能紊乱：导致肠管功能紊乱，造成肚子两侧疼痛，排除器质性疾病后，如肠道炎症、肿瘤疾病，再给予诊断，通常给予纠正肠功能紊乱的药物治疗。