真菌的孢子阳性一般不严重，因为正常状态下人体的皮肤、口腔、肠道、泌尿生殖系统都可以有正常的真菌寄生，真菌通常以孢子的形式寄生在人体内。

如果尿液、阴道分泌物、口腔、痰液这些分泌物涂片查到了孢子阳性，提示是正常的寄生真菌。但如果见到了菌丝，这种情况下提示有真菌感染。一般真菌引起人体致病时，先是大量的孢子进行繁殖，然后出芽形成菌丝，形成了菌丝之后才会对人体具有侵袭能力。

菌丝一般有较强的侵袭能力，可以穿破寄生的细胞，侵犯其他的组织器官，这时可以引起人体发病。所以通常见到真菌的菌丝，才能够诊断真菌的感染。

但如果见到了分泌物当中大量的真菌孢子，尤其是对于免疫功能低下的人群，比如经过了干细胞移植、器官移植，或者是中性粒细胞缺乏的患者，有严重的基础疾病的人群。如果涂片当中见到大量的真菌孢子，这种情况下也可能提示在近期内可能会引起真菌感染。

因为正常状态下寄生的孢子如果会引起发病，可以首先进行大量繁殖，其次再进行出芽出现菌丝。所以对于这些严重的免疫功能低下人群，如果见到了大量的真菌孢子，也可以提前预防真菌感染。