单纯的做阴道镜检查并不疼，与普通的妇科检查没有区别，只是将阴道通过阴道扩张器放大，扩张后将宫颈局部暴露，可以仔细的观察宫颈、外阴以及阴道黏膜皮肤的异常疾病，并且可以通过醋酸白试验、碘试验等查找可疑的部位。如果有可疑的病变部位，需要取活检，取活检会有疼的感觉，尤其是取外阴的活组织检查。由于外阴的感觉神经的末梢很丰富，所以外阴活检会有疼痛感，一般会给予局部麻醉药物，如利多卡因等，便可以很好地解决疼痛的问题。
宫颈部位的活检无需给药，因为宫颈没有感觉神经末梢，宫颈部位的疼痛如同痛经一样，但疼痛程度很轻，一般不需要任何处理。但有时因为宫颈的牵拉会引起迷走神经反射，导致病人下腹隐痛或恶心的感觉，但大多数问题不大。
