子宫内膜异位症会导致部分患者黄体功能不佳，从而导致流产机会增加，但通常情况下子宫内膜异位症患者保胎与正常女性类似。

而怀孕大多数能自然发育，除非之前有过自然流产病史的女性，在怀孕后需适当注意，也可给予患者辅助支持黄体功能治疗。对于子宫内膜异位症而言，有时会考虑黄体功能不足的发生率相对于无子宫内膜异位症的女性较高，故黄体支持药物的用量可能会稍大。