卵巢囊肿有良性和恶性之分。卵巢囊肿种类非常丰富，各种各样的组织结构都可以在卵巢发生肿物。根据肿瘤标记物、B超、CT、核磁的表现，可以有助于区分卵巢囊肿究竟是良性还是恶性。
如果卵巢囊肿直径比较小，内部无回声，即内部为液体，很有可能是良性肿物，还有可能是生理性囊肿，在2-3个月后月经后再复查就会消失。而如果囊肿持续存在，或者直径超过5厘米，即使考虑良性卵巢肿瘤，也应该积极地进行手术。
如果肿瘤短期内生长迅速，囊肿内部有密集点状回声或其他的高回声、低回声，囊壁有不规则凸起，有可能是其他肿物。如果仅仅是密集点状回声，并且有痛经病史，有可能是巧克力囊肿。如果其直径超过4厘米，也有手术指征。如果囊肿内部有高低回声，提示有内部结节、乳头存在，有可能是恶性，甚至是交界性肿瘤。如果肿瘤标记物升高，更应该积极手术。
