核磁共振检查时部分患者反应反映舒适感较差，这是因为行磁共振检查需将患者置于强大磁场内，用射频脉冲激发产生共振信号，被机器摄取以后形成磁共振影像。在射频脉冲激发过程中会产生较大噪声，持续噪声会使部分患者产生不适感。
另外磁共振检查床较小、孔径较窄，部分患者在进入磁共振检查床时会有强烈的幽闭恐惧症，会让患者产生畏惧、恐惧等心理状态，不能配合完成磁共振检查。现在磁共振机器硬件水平不断提高，可以极大减少噪声对患者的影响。但部分患者由于幽闭恐惧症现象的存在，仍可能产生强烈的不舒服、不舒适的感觉，进而影响磁共振影像检查。
