乙肝大三阳可以得到有效控制，但较难治愈，主要是因为乙肝病毒感染后会隐藏于肝细胞内，清除比较困难。乙肝大三阳一般提示乙肝病毒复制率较高、传染性较强，此时容易激发机体免疫清除过程，如果免疫清除能完整清除乙肝病毒，便可能达到治愈目的。但因为乙肝病毒隐藏较深，所以免疫清除完全清除乙肝病毒的概率较低。
在免疫清除过程中，同样会造成肝细胞损害、转氨酶异常，而长期肝细胞损害易导致肝脏异常纤维、异常结节增生，从而形成肝纤维化、肝硬化，导致肝脏异常疾病。此时需进一步给予抗病毒、保肝的药物治疗，压制乙肝病毒复制率。当乙肝病毒复制率被压制后，更难激发机体免疫清除过程，也就更难达到治愈目的。
