甲功三项和甲功五项主要的区别，是甲功五项比甲功三项多两个总的甲状腺激素，即总T3和总T4。
甲功三项测的是游离FT3、游离FT4以及促甲状腺激素水平，如果FT3和FT4出现增高，而TSH是下降趋势，则提示发生甲状腺功能亢进症。如果FT3、FT4下降，而TSH是升高状况，则提示发生原发性甲状腺功能减退症。
如果TSH下降，FT3、FT4也下降，则提示是垂体发生问题，称为垂体性甲状腺功能减退。如果TSH升高，FT3、FT4也升高，并且患者表现为甲状腺功能亢进的表现，称为中枢性甲亢，根本原因可能是垂体发生TSH瘤。
甲功五项还包括总T3和总T4，其与游离T3、T4有区别，游离的T3、T4没有和白蛋白相结合。如果孕妇因为体液问题血液发生稀释，白蛋白水平会下降，此时要查游离T3、T4会比较准确。
因为结合的T3、T4可能会受到白蛋白水平影响，而不能正确反映患者的甲状腺功能状态。
