如果碱性磷酸酶低于正常值，其临床意义不如高于正常值的临床意义大。如果低于正常值，可能见于某些肾脏疾患、甲状腺功能减退、特发性低蛋白血症、机体贫血的情况下，碱性磷酸酶可能低于正常值。
但诊断以上疾病不是依靠碱性磷酸酶的数值低来作为主要的参考指标，所以碱性磷酸酶低于正常值的临床意义不是很大。在临床上，主要关注碱性磷酸酶是否高于正常值，在肝脏受到损伤的情况下，主要表现为谷草转氨酶和谷丙转氨酶升高，碱性磷酸酶也会轻度升高。
如果胆道系统有梗阻或胆管有损伤的情况下，碱性磷酸酶就会明显高于正常值。在检查生化指标的时候，碱性磷酸酶低于正常值不是作为诊断某些疾病的重要参考指标。
如果发现碱性磷酸酶偏低，可以查甲状腺功能、血常规检查，是否有贫血。还可以过1-2个月再复查，可能在某些情况下，一过性的碱性磷酸酶减少后又逐渐恢复正常。
