卵巢囊肿通常不会引起月经不调，但对于有分泌雌激素或其他激素作用的卵巢囊肿，或多囊卵巢综合征可能会引起月经不调。卵巢囊肿包括很多种，有浆液性囊肿、黏液腺囊肿、巧克力囊肿、子宫内膜异位囊肿以及畸胎瘤等，有良性还有恶性，多数情况下并不会影响月经。
但对于性索间质细胞的卵巢肿瘤，如颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤，由于可能分泌雌激素，因此会引起子宫内膜增生以及脱落，便会导致月经异常。上述两种肿瘤通常发生在绝经后，患者的主要表现是绝经后出血，以及抽血发现雌激素升高、B超发现卵巢肿物等。
另外，还有一种特殊疾病是多囊卵巢综合征，虽然其严格意义上并不算卵巢囊肿，但由于可以表现为卵巢有超过12个直径＜1cm的卵泡，且所有卵泡都在发育，但是没有一个发育成熟，所以这种疾病也会表现为月经不调。
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