腘窝囊肿是一种良性肿物，危害不严重，常引起局部症状。如果囊肿长得过大，容易压迫局部肌肉和腘动脉、静脉，甚至是周围神经，引起下肢酸疼、沉重感。肿物扩大也会影响下蹲，往往会下蹲困难。
对于腘窝囊肿，首先应该进行准确诊断，在局部进行超声检查，确定是囊性肿物。少数情况下表现为一个局部肿物，但实际上是血管畸形引起的局部假性动脉瘤，听诊上可以听到杂音应该进行鉴别，避免出现误伤。
腘窝囊肿的形成是由于膝关节的关节液通过关节腔后方的关节囊薄弱区渗透到腘窝内，形成了一个囊性肿物。囊肿与关节腔相通，但一般囊肿液体很少能够回流到关节腔内，但关节腔液体容易进入囊肿之内。因此随着活动量增大，囊肿容易长得比较大。
对于比较大的囊肿，引起了症状，可以在诊断明确的情况下进行囊肿手术切除。可以从后方切开皮肤，找到囊肿之后完整切除，同时修复关节囊，避免囊肿复发，也可以通过关节镜的方法，将后方的关节囊打开，让囊肿与关节腔相通。
两个腔隙相通之后囊肿压力比较大，囊液就会回流到关节之内逐渐吸收，囊肿就会萎缩、消失。
