复发性口腔溃疡的病因较为复杂，目前并没有明确、公认的病因，猜测的原因包括以下几方面：

1、病原体感染：部分研究认为出现复发性口腔溃疡与细菌、病毒感染有关，但目前没有发现何种病原体与复发性口腔溃疡的发作、患病有关；

2、免疫因素：免疫因素可能与复发性口腔溃疡有关，但进行较多的免疫指标和抗体，目前没有发现何种抗体与复发性口腔溃疡的患者较为明确，患者可能与正常人相同，没有致病抗体，因此也不认为此病属于自身免疫性疾病；

3、内分泌因素：部分女性患者在月经期，可能出现口腔溃疡，如果怀孕后可以停止生长，考虑与雌激素、孕激素有关，但也没有得到较为肯定的结果；

4、微量元素缺乏：考虑还可能与锌缺乏或者铁缺乏有关，可能引起口腔溃疡复发，经过补锌，具有治疗的作用，但也不能非常肯定。目前发现部分贫血患者，如果出现缺铁性贫血，复发性口腔溃疡复发会更加频繁，但也不能明确相关的关系；

5、遗传因素：目前发现复发性口腔溃疡复发，与家族具有一定关系，一家人可能都会出现口腔溃疡，后代出现口腔溃疡的几率较高。如果祖辈出现口腔溃疡，子辈或者孙辈也容易出现口腔溃疡，但也没有明确在遗传学上发现相关基因。

目前尽管进行较多研究、探讨，但是目前并没有公认的病因，因此复发性口腔溃疡的病因尚未明确。