慢性再生障碍性贫血分轻型和重型，轻型再生障碍性贫血，首先给予环孢素免疫治疗，还有给予促造血作用的雄激素治疗。而慢性再障中的重型再生障碍性贫血，除免疫治疗外，建议进行骨髓移植治疗。骨髓移植治疗是根治再生障碍性贫血的方法，但骨髓移植有一定风险，因异基因的骨髓移植，可能会出现移植物抗宿主病。

如果再生障碍贫血病人出现重度贫血，可以对症输血治疗。如果白细胞明显低下，可以用升白针促进白细胞生长。血小板极低的病人有出血风险，可以输注血小板预防出血。也可以用促进血小板生长药物，如艾曲波帕进行治疗。