碘伏治疗扁平疣效果不好。扁平疣是由人乳头瘤病毒感染所引起的一种常见的病毒性皮肤病，主要在头面部、手背部形成质地较硬的扁平丘疹，是人乳头瘤病毒刺激表皮增生形成。
一般可以使用物理疗法，如激光冷冻将其去除或用抗病毒药物，如咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏等，也可以使用腐蚀性药物，如三氯醋酸溶液、甲醛溶液等局部点涂，可以使扁平疣坏死脱落。
而碘伏是皮肤表面的消毒剂，主要是含有碘和表面活性剂的络合物，刺激性很小，主要是消毒皮肤表面的细菌，外擦在扁平疣表面，无法渗透进去，也无法起到抗扁平疣的作用，因此治疗扁平疣使用碘伏的效果很差。
有些使用针刺等先将扁平疣皮损挑破，再擦碘伏，可能会引起一定炎症反应，也许有一定效果。如果起效，局部先会有红、痒症状，然后扁平疣逐渐消退，但是具体起效时间并不确定。
有时操作不当，可能导致扁平疣自身接种或扩散，并不推荐此种方法，建议使用正规的治疗扁平疣的抗病毒药物，或者物理、化学方法进行治疗，会更加安全有效。
