小儿疱疹性咽峡炎的治疗，以对症支持治疗为主。疱疹性咽峡炎主要由病毒感染引起，并没有特效的抗病毒药，所以是对症处理为主。

大多数疱疹性咽峡炎会出现发热，这时要进行降温处理。如果测量体温只是低烧，精神状态很好，可以先进行物理降温，然后再监测体温。如果体温比较高，比如腋温≥38.5℃，或肛温≥39℃，可以选用药物降温。小儿常用的退烧药包括布洛芬和对乙酰氨基酚，布洛芬适用于6个月以上的小儿，对乙酰氨基酚适用于3个月以上的小儿，在一次发热病程中，尽量选用同一种退烧药，不到迫不得已，不要布洛芬和对乙酰氨基酚交替使用。

疱疹性咽峡炎患者口腔会有肿痛，口水分泌和咽喉分泌物会很多，这时要注意清理分泌物，保持口腔卫生。同时还可以喷一些清热利咽的喷剂，缓解咽喉肿痛的症状，需要注意多休息。