怀孕后卵巢囊肿，需要判断囊肿的性质来判断是否会影响胎儿，常见有以下几种情况：

1、生理性卵巢囊肿：在妊娠早期，由于卵巢需要黄体来维持妊娠，所以可能出现生理性卵巢囊肿。通常囊肿直径<5cm，肿瘤标记物正常，如果没有症状，可以进行观察；

2、病理性囊肿：如果卵巢囊肿体内并不是完全的无回声，而是有分隔、有实性的回声、有结节，有可能就是病理性囊肿。如果是卵巢巧克力囊肿，此时妊娠本身对卵巢巧克力囊肿就是一种治疗，在妊娠期间卵巢巧克力囊肿可能会逐渐地退变、甚至萎缩，不会影响胎儿。但是如果是畸胎瘤、卵巢交界性肿瘤，甚至是卵巢恶性肿瘤，患者需要手术。一方面手术本身由于需要经腹腔进行，而卵巢和子宫相离比较近，卵巢囊肿手术会干扰到子宫，而且由于麻醉药物的作用以及术后刀口疼痛，可能刺激子宫收缩，从而导致胎儿流产。如果是恶性肿瘤，需要及时治疗母亲，所以通常需要终止妊娠，进行卵巢肿瘤的根治性手术，此时胎儿如果还没有达到生存的时限，如还在28周之前，需要人为终止妊娠，胎儿要流产。如果是在28-37周手术，则需要终止妊娠，胎儿早产。