临床有经验的肛肠科医生较重视对肛裂患者的检查，其检查方法先采取望诊，即轻轻扒开肛门，如果可看到急性肛裂或陈旧性肛裂，要轻轻地放回去。如果感觉能够确诊肛裂可进行尝试性指诊，即先轻柔在肛门周围进行按摩，让患者接受，然后在充分的石蜡油润滑后再慢慢进入肛门。如果患者感觉疼痛难忍，则停止指诊。如果患者能够慢慢接受指诊，再进行肛门镜检查，或者三维彩超检查。如果患者不能接受指诊，肛门镜检查、三维彩超检查亦不建议进行。
如果因有肛裂，担心伴有其它机化需要进行指诊，也可以先塞双氯芬酸钠栓或喷洒利多卡因喷雾，即在进行预防镇痛处理之后再行检查。
