子宫肌腺症即子宫腺肌症，其和卵巢囊肿形成的原因并不是十分清楚。子宫腺肌症主要是指子宫内膜的腺体和间质出现在子宫肌壁之间，它的机理并不是很清楚。有研究认为子宫腺肌症的形成，是和遗传、损伤、高雌激素水平、病毒感染等原因有关，认为子宫腺肌症是由子宫内膜基底层的细胞增生侵入到子宫肌壁间形成。
再有就是损伤的原因，在临床上常见损伤子宫内膜的情况，比如人流、药流以后的刮宫，以及宫腔诊断性刮宫，这些原因都可能导致子宫内膜的损伤。损伤以后子宫内膜容易浸润到子宫的肌层。此外，高雌激素水平、病毒感染也是一个相关因素。在这些因素里，最主要的原因还是考虑与高雌激素水平有关系。
而对于卵巢囊肿来说，形成机理目前并不是很清楚，也没有文献报道说明，能够直接能够导致卵巢囊肿发生的原因。
