慢性阻塞性肺疾病，因为其可以引起支气管哮喘、支气管扩张或心力衰竭等合并症出现，所以在鉴别上较困难。单纯的慢性阻塞性肺疾病，需要与这些疾病相鉴别。
支气管哮喘，大部分患者是年轻时容易发作，并且是由于接触到过敏原，出现哮鸣音的现象，听到像哨子一样的声音。支气管扩张患者会有支气管扩张的既往病史，会出现咳嗽、咳痰的加重，CT检查可以明确症状。心力衰竭，它有一个明显的特征，就是患者在夜间不能平卧入睡，并且夜间气喘加重，给予利尿剂的处理，患者症状可明显好转。此外，慢性阻塞性肺疾病还需与肺结核相鉴别。
呼吸系统症状的疾病都可以使患者咳嗽、咳痰加重，甚至出现气喘，在某种程度上增加了慢阻肺疾病和这些疾病的鉴别困难，但是可以根据患者症状、体征及检查，合并在一起鉴别诊断。