菌群失调不用药恢复的时间，根据菌群失调的严重程度而定。如果只是轻度的菌群失调，可能1-2周便能恢复。抗生素本身有杀菌的作用，但服用抗生素后，对肠道的正常菌群也会有干扰，也会导致菌群失调。部分患者在使用抗生素时，便可以看到出现大便不成形甚至腹泻，但停用抗生素1周后，症状便能缓解。

但是如果严重的菌群失调，可以导致不致病的细菌产生致病作用，如合并难辨梭状芽孢杆菌，可以导致伪膜性肠炎。不光是腹泻，可能还会出现便血、黏液便，此时不用药可能很难自行恢复。难辨梭状芽孢杆菌感染，此时通常需要用甲硝唑10-14天，如果甲硝唑效果不佳，可能需要用万古霉素治疗。

所以，对于既往没有慢性病、体质比较好的菌群失调的患者，可能1周甚至2周就能恢复；但是如果菌群失调比较严重，合并伪膜性肠炎即难辨梭菌感染，或既往有糖尿病、老弱患者，可能单纯不用药不可行，需要用药物治疗或补充益生菌，才能真正恢复。