子宫内膜异位症常侵犯脏器的腹膜和壁腹膜，其中以卵巢和宫骶韧带最常见，其次为子宫和输卵管。

子宫内膜异位症是子宫内膜组织腺体，包括间质侵犯子宫体以外部位，可侵犯身体任何部位，如肚脐、膀胱、输尿管、肾脏，以及直肠、盆腔组织。也可侵犯胃肠道浆膜层、手臂、大腿、支气管，甚至眼睫毛等，造成相应部位的周期性疼痛和出血。

另外，子宫内膜异位症，其中最常见的是侵犯卵巢和宫骶韧带，其次为子宫和输卵管，所以会导致输卵管出现粘连，影响受精卵运输功能，因此可导致不孕。

子宫内膜异位症是激素依赖性疾病，在绝经后，无论是自然绝经还是人工绝经，都可导致异位内膜组织萎缩、坏死，从而使症状得到改善。如需妊娠或者性激素治疗时，激素、异位内膜的增长会受到抑制，从而缓解症状。

子宫内膜异位症是良性疾病、良性过程，但其临床行为表现为恶性疾病特点，如可以发生病变的蔓延、种植和远处转移。