患者由于肛裂上厕所疼痛，可以使用一些缓解疼痛的药膏，减轻由于疼痛而引起的排便困难。常用的药膏包括复方利多卡因乳膏、复方甘菊利多卡因凝胶，患者在上厕所前10分钟将其挤入肛门内，具有止痛的作用，帮助顺利排便，但仅能起到暂时的作用。还需针对肛裂进行治疗，可以使用一些促进创面愈合、治疗肛裂的药膏，如太宁软膏、马应龙痔疮膏、银离子痔疮凝胶、祛腐生肌膏等。
另外，需针对肛裂发生的原因进行治疗，若由于便秘引发，可以服用治疗便秘的药物，如乳果糖、福松粉等，以及多饮水调理和纠正便秘。若由于肛门括约肌痉挛引发，可以在肛门周围的肌肉注射肉毒素，解除肛门括约肌的痉挛，肛裂可逐渐痊愈。若为陈旧性的肛裂，经过药物治疗仍效果欠佳，则进行手术治疗。
