复杂性肛瘘如果一次治愈，一般就不会复发，但有可能再生。因为肛门的一周肛窦有六七个即一圈的肛窦，再复杂的肛瘘也不可能将所有的肛窦都涉及到，一般只涉及到一部分，两个、三个、甚至四个都有可能。这时把四个肛窦都治疗好以后，但还剩了两三个肛窦，有可能会再感染，再形成肛周脓肿和肛瘘。当然这种机会非常小，但不能够100%的说不再发生肛瘘和肛周脓肿，因为人的肛门总是要用。当身体的抵抗力低，细菌的感染随时有可能再发生，所以是可能会再次发生肛瘘或者肛周脓肿，因此不叫复发。复发是指复杂性肛瘘当时没有完全清理干净。比如有七个瘘管，只清理了五个或者四个，没有彻底治愈，就有可能会复发，这种情况称为复发，为两种不同的情况。
