扁桃体切除后不会再发炎，但咽喉部可能出现炎症性变化，如咽炎等。扁桃体是咽部比较重要的淋巴器官，上呼吸道感染时扁桃体可以抵抗细菌的侵袭。细菌的感染与侵袭，可能会造成扁桃体发炎。

扁桃体切除后，防御功能也会随之消失，细菌也不再侵入扁桃体。若存在细菌，可能会导致咽部黏膜出现炎症性变化，由此患者会出现急性咽喉炎的一系列症状，如吞咽痛、发烧等。切除扁桃体后人体并不会失去对细菌的抵抗能力，咽部有较多丰富的淋巴组织，可以担负起免疫调节、抵抗细菌侵入的作用。