如果平时的日常活动都是正常的，跑跳不受限制，蹲久了以后膝盖痛主要是见于以下几种原因：

1、拉伤或劳损：最为常见的是因为后方的股二头肌、半腱肌、半膜肌出现了轻微的拉损，也就是轻微的拉伤和劳损，这主要是因为长时间地下蹲，肌肉处于持续的紧张状态或者持续的疲劳状态，久而久之就会容易形成一种无菌性的炎症，或者肌肉表面的筋膜发生的炎症，从而就会在起来的时候出现明显的疼痛或者轻微的酸胀不适，这种情况是属于姿势性的，一般不需要做特殊处理，避免长时间的久蹲就可以了；

2、半月板损伤：如果每一次蹲下去以后膝盖后面就会疼，或者甚至于走路、上下楼的时候就会疼，但走平路并不疼，这种情况还要考虑膝关节本身的装置出现了异常，最为常见的就是膝关节的内侧，或者外侧的半月板后角出现了损伤或者撕裂，就会造成蹲久了以后起来膝盖后面明显的疼痛感；

3、囊肿：如果后方的腘窝里面出现了囊肿，那么长时间的久蹲就会压迫后方的神经以及肌肉，也会造成蹲久了以后起来膝盖疼痛。

所以如果只是偶尔蹲久了起来膝盖会疼痛，起来以后症状马上就缓解了，一般是因为后方的股二头肌、半腱肌、半膜肌出现了劳损，不需要做特殊处理，如果每一次下蹲以后后侧都疼痛，甚至于上楼下楼的时候也有不适，那么还要考虑有没有半月板损伤，或者后方有腘窝囊肿这些可能性，需要做一个膝关节的核磁共振检查来进行判断。