肛瘘不治疗，会有以下两种情况：
1、肛瘘持续存在：肛瘘无法治愈，会一直存在；
2、肛周脓肿：经常发生肛周脓肿，发炎、红肿，甚至流脓，因为肛瘘主要是肛门内的黏膜破溃，直肠里面的内容物通过破溃的破口，穿透脂肪组织达到皮下引起潜在瘘管，在瘘管经常可能会有大便或者脏东西流到里面，如果有细菌感染，可能就会发生肛周脓肿。
肛周脓肿发生以后，通过外管脓液排出去以后脓肿会好，但肛瘘会继续存在，时间久后形成比较难以愈合的肛瘘。所以不通过手术治疗不可能达到完全治愈，所以肛瘘时间久必须采取手术治疗。肛瘘的瘘管要完整切除，包括内口和外口都要切除，切除以后不能缝合，要把伤口敞开，肉芽组织从伤口底部逐渐长到皮肤，才可能不形成新肛瘘。
