通常室间隔缺损根据病史、体征、放射线及心电图检查，结合心导管和心血管造影进行诊断，但需要和以下几种疾病进行鉴别：

1、与肺动脉瓣口狭窄进行鉴别，尤其是位于室上嵴和肺动脉瓣之上的室间隔缺损，很容易和肺动脉瓣狭窄混淆，特别是瓣膜型狭窄，后者震颤和杂音的部位较高，肺动脉瓣区第二心音减弱，放射线照片可以显示肺动脉狭窄后的扩张及肺纹理的减少。

2、与房间隔缺损进行鉴别，原发性房间隔缺损与室间隔缺损不容易鉴别，尤其是伴有肺动脉高压者，原发性房间隔缺损杂音通常比较柔和，常与右心室肥大、二尖瓣分裂等情况同时出现，心电图常有PR间期延长，心电向量额面QRS环呈逆钟向型运行，最大向量左偏，环的主体向上向左，特别具有诊断价值，心导管检查和超声心动图检查也是鉴别诊断的常用方法，鉴别诊断尤其需要注意左心室缺损。继发性房间隔缺损收缩期的吹风样杂音比较柔和，位于胸骨左缘第二肋间，多半没有震颤，心电图有不完全右束支阻滞或右心室肥大，而无左心室肥大者额面QRS环多为顺钟向运行，主体是向右、向下。

3、与动脉导管未闭进行鉴别，通常有两种情况不容易鉴别，一种是高位室间隔缺损合并主动脉瓣脱垂和关闭不全者，容易与典型的动脉导管未闭混淆，前者杂音为双期，后者表现连续性，前者主动脉结不明显，后者明显增大；另一种是动脉导管未闭常伴有肺动脉高压，仅有收缩期的震颤和杂音，与高位室间隔缺损鉴别较为困难，前者脉压差较大，杂音位置较高，主动脉结较明显，可以通过左心室造影和逆行性的主动脉造影进行鉴别。

所以，室间隔缺损作为常见的先天性心脏病，需要与其它几种先天性心脏病进行鉴别诊断，如肺动脉瓣狭窄、房间隔缺损、动脉导管未闭等。