即使使用最有效的治疗方案治疗幽门螺杆菌感染，也有可能再次复发，主要是原有的幽门螺杆菌没有被彻底杀灭而引起。对于幽门螺杆菌完全被杀灭的患者而言，其复发率只有5%左右。临床上幽门螺杆菌感染治疗的失败率高达30%，因此，复发不一定是再次感染，而是原来的幽门螺杆菌没有被完全消灭导致。
影响幽门螺杆菌复发的因素，包括初始治疗效果和个体易感性。患者一旦复发需重新选择治疗方案，或者根据药敏试验选择新的药物，主要是选择抗生素。患者在治疗的同时，还需要采取必要的预防措施，比如注意饮食卫生，家里的餐具需用流动水进行清洗或者消毒，避免口对口喂食，餐前便后洗手，这些措施对于预防再次感染以及增加幽门螺杆菌根除率非常重要。
