取卵手术会疼，也会与病人对疼痛的敏感性、卵巢的大小、卵巢的位置等因素有关。现在有中心做取卵手术时进行全麻，在全麻下取卵，病人基本不知道，可能睡觉醒后手术已经完成。也有中心可能是用镇痛的药物，用镇痛的药物以后，对疼痛的敏感性会降低，也会减少疼痛。

疼痛最主要是在阴道冲洗或者擦洗时产生，取卵前阴道要消毒、清洁。部分病人对阴道使用窥器扩张这种撑着的感觉，觉得不适应，觉得很疼，尤其是阴道比较紧的病人，可能会觉得疼痛得厉害。

取卵时需要用针穿刺进入卵巢内，把卵吸出，内脏的器官对疼痛有一个特点，对针刺或刀割没有感觉，有感觉的是牵拉的疼痛。如果卵巢的位置比较高或者卵巢活动较厉害，牵拉的感觉会很疼，如果只是针扎进去，并没有很大的疼痛的感觉。

此外，疼痛也与卵巢的卵泡的数量有关，部分病人卵泡较少，扎几次就做完了，疼痛较轻。卵巢的位置如果很低，挨着后穹窿，穿过穹窿壁直接进入卵巢会好得多，部分病人卵巢的位置较高，粘在子宫上方，甚至需要穿过子宫壁，这种疼痛会比较厉害。