肺结核的治疗分为巩固期和强化期。初治活动性肺结核的总疗程是6个月，强化期是4种药物联合应用2个月，巩固期是2种药物联合应用4个月。对于粟粒性肺结核和结核性胸膜炎，一般需延长疗程，总疗程可能会达到9-12个月。

强化期是指4种药物联合，目的是尽快地杀灭繁殖期的结核分枝杆菌，迅速降低菌量，缩短传染期，避免或减少继发性耐药的发生。

巩固期的治疗目的是杀死病灶中残留的少数代谢低下或半静止状态的结核分枝杆菌，这部分菌比较顽固，需更长的时间来进行治疗。