口腔溃疡多数不是疱疹病毒感染引起，大部分为复发性口腔溃疡，单纯疱疹病毒感染引起的口腔疾病可表现出溃疡，但溃疡的特点是成簇分布。常见的复发性口腔溃疡与遗传相关，且反复发作。

疱疹性口炎除牙龈红肿、发热等症状外，在舌背、颊黏膜、嘴唇也会形成个别疱疹，这些疱疹破溃后，即表现为溃疡。疱疹引起的溃疡较为少见，不会反复出现感染，发生于成年人的疱疹感染主要为口唇疱疹。而复发性口腔溃疡于口腔黏膜反复发作，所以复发性口腔溃疡和疱疹病毒感染引起的疱疹性口炎是两种疾病。