超过5-6cm的卵巢囊肿，多数需要进行手术治疗。较小的囊肿不是都不需要手术治疗，如果证实为肿瘤，怀疑恶性肿瘤时，部分2-3cm的卵巢囊肿需要进行手术治疗，如60-70岁的妇女，如果有2-3cm以上的囊肿，持续不消失，通常需要进行手术治疗。如果为年轻女性，可能为生理性囊肿，如果大小在5cm以下，部分可以进行观察，有恶性证据时才建议患者进行手术治疗。

育龄女性囊肿较小时不建议进行手术，通常是由于在进行手术时，卵巢皮被剖开，将囊肿取出，但剖的过程会损伤正常卵巢。如果年轻、有生育要求的患者，损伤卵巢，可能会影响将来的怀孕，甚至造成粘连等不必要的伤害，因此较小的囊肿不一定非要进行手术治疗。小的畸胎瘤2-3cm，有时可不进行手术治疗，或推迟一段时间，等肿瘤长到稍微大一点时，再进行手术治疗。患者进行2次以上B超检查，确诊囊肿大小在2-3cm，可进行手术治疗。