不明原因的发热原因多种多样，既可以是各种各样的感染因素导致，也可以是非感染的因素导致。在感染的因素里又可以分为多种病原体以及多个部位感染，具体如下：
1、病原体：既可以是病毒感染，也可以是细菌感染、结核感染、真菌感染、寄生虫感染；
2、感染部位：常见部位有呼吸道、泌尿道甚至消化道，也可以是在相对隐匿的部位，比如肝脏、心脏、中枢神经系统，如肝脓肿、心内膜炎、脑膜炎，甚至肛周的脓肿。
除各种各样感染性的疾病，还可以是非感染性疾病，如因为身体的免疫紊乱引起自身免疫性疾病，也可以导致发烧，比如系统性红斑狼疮，如类风湿关节炎。以及肿瘤性的疾病、血液病，都可以引起不明原因的发热。
