甲状腺结节穿刺是诊断甲状腺疾病的重要手段，通常良性1类或2类结节不推荐做穿刺，推荐做穿刺的是3类或4A、4B之类结节，即可疑恶性结节做穿刺。穿刺针和平时打针的针头相同，疼痛是穿过皮肤时，穿入甲状腺腺体以后不会很痛，具体痛感要根据个人耐受情况，绝大多数病人反馈不痛，但穿刺后可能会形成局部小血肿，导致局部可能有肿胀、不适感。穿刺过程中不会有明显不适感，这是用细针穿刺。部分医生为明确诊断可能会推荐用粗针穿刺，粗针针头较粗，可能局部要打麻药，疼痛感会比细针明显。
部分病人很担心穿刺肿瘤后会不会产生种植转移，根据最新调查显示，转移几率非常低，只存在百分之零点几。若穿刺结果恶性，则需手术治疗，因此影响不大，切掉整个甲状腺后穿刺种植处也会被切除。
