根除幽门螺杆菌的四联药物均比较安全，因为都是临床上常用的药物，但是会有一定副作用。绝大多数人能够耐受，但是副作用可能在每个人身上会略有差异，主要如下所示：
1、肝肾功能：可能对肝肾功能有一定程度影响，比较少见；
2、过敏：部分人可能出现过敏，如对于青霉素类药物过敏，可能出现药疹，有明确青霉素过敏史人群，不能口服此类抗生素；
3、消化道症状：可能部分患者出现消化道症状，如恶心、食欲不振。如服用喹诺酮类消炎药，常会出现此类副作用；
4、口苦：如克拉霉素类的消炎药，在临床上服药后不适的感觉是口苦，可能在有些患者身上比较明显；
5、腹泻症状：如铋剂兼有杀灭幽门螺杆菌、保护胃黏膜，部分患者服用此类药物后，大便次数多，出现类似腹泻症状且大便颜色发黑。
