嘴巴长水疱的病因有很多种，现在常见的病因可以分为：

1、手足口病，患儿手足口病时嘴巴里面有水疱破溃，这个是常见的症状，针对手足口病要及时的对症治疗，还有全身抗病毒感染的治疗，全身支持疗法等；

2、疱性的扁平苔藓，也会导致嘴巴中可以看到水疱。针对扁平苔藓的治疗，可以全身用药，局部的漱口，或者是局部的涂擦、贴膜或者散剂等；

3、疱性的黏膜病，如天疱疮或者是疤痕类的类天疱疮，嘴巴中都能看到明显的水疱，只不过是有的水疱可以是推动，即尼氏征阳性，有的水疱推不动，则为尼氏征阴性。

不论是哪种类型，疱性的黏膜病，都需要全身使用糖皮质激素，或免疫调节剂等配合局部治疗。